肝內膽管結石變大速度存在非常大的差異，有許多患者可能經過很多年也沒有明顯增長，也有少數患者可能會增長得很快。影響肝內膽管結石變大的因素，主要包括局部膽管的狹窄因素，還有患者膽汁的成分異常以及治療因素。如果患者局部存在明確的膽管狹窄，膽汁容易在此淤滯，此種情況的結石就會增長得比較快，尤其是當合并反復感染的時候，結石就會更快增長。在Oddi括約肌切開后或Oddi括約肌相對比較松弛的患者，容易反復發生腸內容物向肝內膽道反流、腸內細菌向膽道內入侵，此時結石的發展速度會明顯增加。另外，治療也會對結石造成一定影響，通過應用熊去氧膽酸、復方阿嗪米特等藥物，可以起到一定刺激膽汁分泌、溶石的效果，也可能延緩肝內膽管結石的進展。