肛瘺有單純性肛瘺和復雜性肛瘺。對于單純性肛瘺，手術切除瘺管以后，其預后效果較好，一般不會留下后遺癥，對于復雜肛瘺，特別是深部高位肛瘺，在手術過程中要注意保護肛門括約肌的功能，手術創面較深，手術后留有較大疤痕，會出現術后肛門狹窄、肛門失禁或緊急情況下的肛門不自主溢便，控便效果不好、肛門缺損會比較嚴重，另外也會導致肛瘺復發。高位復雜性肛瘺最主要的關鍵是內口處理、預防術后復發。