高位復雜性肛瘺切除手術為達到理想療效，預防復發，手術創面較深，較大，創面較多，手術難度較大。術后存在一般性肛瘺手術常見并發癥如肛瘺出血、創面疼痛、局部感染、排便困難等肛門功能障礙。 此外，亦可導致肛瘺復發，創面假性愈合以及長期不愈合，肛門關閉不緊、漏氣、漏液或肛門狹窄等，易導致不完全或完全性肛門失禁，肛門周圍皮膚感覺障礙，術后肛門功能損害，自主排便喪失，易出現肛門收縮、關閉不全，暫時性急便感，肛門溢液、溢氣、潮濕、瘙癢等癥狀或不能完全控制排便，以及創面愈合延遲或長期不愈合等。 高位復雜性肛瘺手術預后應注意清淡飲食，飲食衛生，避免辛辣刺激食物，養成良好排便習慣，保持大便通暢，注意肛門衛生，堅持便后坐浴，注意休息，保持肛門功能鍛煉。同時出院后提高警惕，及時到醫院復診。