如果懷疑肛瘺，做相關檢查確定是否是肛瘺。肛瘺是肛門直腸瘺的簡稱，一般都具有一個內口，一個外口，還有竇道。做肛門指檢擠壓內口時，外口會開始見到分泌物流出。比較瘦的患者可以摸到皮下有竇道，叫肛門肛瘺。另外，還可以從外口插入比較軟的銀制探針，有時會從肛門里探到內口，還可以從外口打亞甲蘭溶液或牛奶等不同顏色溶液，從肛門鏡下看到內口有溶液流出，基本也可以確診。除臨床檢查以外，還可以通過輔助檢查，比如B超檢測肛門周圍的竇道和皮下內口、外口的大體位置，核磁共振、CT等也有幫助。 若是少見疾病引起的肛瘺，比如糖尿病病人，或者其它免疫功能低下的患者，或有潰瘍性結腸炎等疾病。患者應該檢查是否有血糖升高，以及做腸鏡排外是否有潰瘍性結腸炎等，得到進一步確診后也不容易耽誤患者病情。