復雜性肛瘺是指具有兩條以上瘺管或分支，有兩個以上外口或內口的肛瘺。可通過肛門指診和肛門鏡檢大致判斷瘺管走向、分支分布、內口位置高低等，可以確定肛瘺部位。現在常用的直腸腔內彩超可以測定肛瘺范圍、內口位置以及管道支管分布，在檢測括約肌損傷程度及診斷克羅恩病引起的肛瘺等方面有顯著優勢。其操作相對簡單，費用較核磁共振低。此外根據病情，有時也會采用核磁共振檢查。磁共振對于肛門周圍軟組織的走向、層次，判斷更加準確，但是費用相對較高。 如果醫院沒有核磁共振和CT，可簡單給予造影劑造影，有時瘺管不順暢，不能夠100%顯示真實情況。手術過程當中，專科醫生經常用美藍染色法結合探針，從肛門外口進去探查內口以及瘺管走向、位置和高低，尋找和處理內口，切除瘺管，是保證手術成功的關鍵所在。