結核性肛瘺的診斷一般通過肛門?？茩z查，結合三維或四維彩超檢查，以及核磁檢查。做肛周檢查的同時，首先要確定是否患有肺結核或者其它部位的結核導致肛周結核，比如要做結核菌素試驗PPD，能夠起到最主要的判定作用。還有會取一部分病理組織，做病理組織學檢查判定該疾病，病理組織學可以作為金標準，可以減少誤診、漏診等情況。做分泌物的培養，實驗室培養。目前結核桿菌基因檢測PCR，結核分枝桿菌定義檢測相對比較穩定、高效，綜合來判定是不是患者患有結核病繼發的結核性肛瘺，臨床的診斷可能會提高。