結(jié)核性肛瘺的診斷一般通過(guò)肛門(mén)專科檢查，結(jié)合三維或四維彩超檢查，以及核磁檢查。做肛周檢查的同時(shí)，首先要確定是否患有肺結(jié)核或者其它部位的結(jié)核導(dǎo)致肛周結(jié)核，比如要做結(jié)核菌素試驗(yàn)PPD，能夠起到最主要的判定作用。還有會(huì)取一部分病理組織，做病理組織學(xué)檢查判定該疾病，病理組織學(xué)可以作為金標(biāo)準(zhǔn)，可以減少誤診、漏診等情況。做分泌物的培養(yǎng)，實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)。目前結(jié)核桿菌基因檢測(cè)PCR，結(jié)核分枝桿菌定義檢測(cè)相對(duì)比較穩(wěn)定、高效，綜合來(lái)判定是不是患者患有結(jié)核病繼發(fā)的結(jié)核性肛瘺，臨床的診斷可能會(huì)提高。