肛瘺的檢查比較復雜，診斷比較困難，可以通過以下幾個方面： 1、首先要找到肛瘺的發生的部位，肛門的部位以點來計算，即把肛門看成一個時鐘。肛瘺發生的部位，有開口的肛瘺，可以看到在肛門的幾點鐘發現外口，然后要摸清肛瘺的走向，一般情況下在肛周可以摸到一個條索狀的腫塊。從外口，向內口延伸，部分肛瘺可能是盲端瘺，可能是看不到外口，但是可以摸到一個條索狀的腫塊。因此，要做到“一看，二摸，三指診”，指診要了解肛瘺在肛門里面的具體情況、具體部位和性質； 2、進一步的檢查，如經肛門腔內的三維超聲，將B超的探頭放在肛門、直腸里，通過三維圖像可以了解到肛瘺的走行、肛瘺的發生部位，以及肛瘺與括約肌之間的關系，通過圖像可以建立肛瘺的走向的立體觀； 3、對一些非常復雜的高位肛瘺，需要做肛管周圍的核磁共振。通過核磁共振可以清楚的看見每一根瘺管的走行。