癲癇手術永久性風險都應控制在1%以下，包括手術后出血、術后感染、術后神經功能障礙。永久性神經功能障礙發生率通常在2%以下，如果定位不準確、切除范圍較大，神經功能障礙發生率仍較高，有5%、7%、20%，甚至更多。但部分認為偏癱是功能障礙，也有部分認為偏盲是功能障礙。 如顳葉癲癇，為控制癲癇發生，有些醫生認為控制癲癇比偏盲重要，所以可能造成部分功能障礙，有些病人可接受。但如果有些病人需開車，偏盲就非常重要，所以不能切除偏盲區域，手術中經過監測就可控制。目前多數開顱醫生都會控制癲癇手術并發癥，并控制到最低范圍。不影響患者功能障礙情況下，通常切的范圍越大，癲癇控制效果越好。