癲癇的其中一部分癲癇，稱為難治性癲癇，需要進行手術治療才能達到比較好的效果。手術治療有各種術式，包括癲癇病灶切除，這是切除性手術。還有姑息性手術，比如大腦半球的離斷，或者胼胝體的切開，還有神經調控技術，在顱內埋置電極，通過電極放電來控制癲癇發作。通常手術的風險主要指第一種和第二種，但這種風險在各種監測條件下，能夠被控制得很低，少部分患者會有肢體麻木，肢體無力等癥狀，包括看東西視野稍微變小，語言不太流利。這種情況都認為是功能區的手術，會用各種條件把風險降到最低。