癲癇手術風險除常規開顱手術風險，手術后出血需再做手術，術后感染需長期抗感染，甚至必要時再做手術，還有腦積水、腦梗塞等意外問題。癲癇最主要并發癥為神經功能障礙，顳葉癲癇出現神經功能障礙，比如失語、偏盲、優勢半球記憶力減退。如果額葉癲癇，病人邏輯推理能力差、肢體活動功能差，或枕葉癲癇病人出現視力、視野改變，頂葉癲癇會出現半側忽略或感覺減退，與發生部位有關。 所以通常需在手術中定位，保留功能前提下切除癲癇灶。如果手術中定位準確，切除癲癇灶，通常不會造成永久性神經功能障礙，如果切除神經功能區，有可能造成永久性功能障礙，所以一定要手術中監測身體功能。