益生菌主要是可以調節腸道菌群失調，沒有治療幽門螺桿菌的功能，因此單獨服用益生菌不能用于殺滅幽門螺桿菌。臨床推薦治療幽門螺桿菌的方案需要兩種以上的抗生素聯合使用，療程需要10-14天。在長時間應用兩種聯合抗生素治療的過程中會造成腸道菌群失調，服用益生菌可以緩解這方面的副作用。 現在研究表明，在服用抗幽門螺桿菌藥物治療時，同時服用益生菌可能會提高殺菌效果。但是服用哪種益生菌、服用益生菌時間及療程，還沒有明確的答案，因此目前沒有益生菌制劑被相關部門批準作為抗幽門螺桿菌藥品。如果患有幽門螺桿菌感染，患者需要進行抗幽門螺桿菌治療，并避免單獨服用益生菌進行治療。