目前尚沒有數據支持益生菌治幽門螺桿菌，在我國目前根除幽門螺桿菌推薦四療聯法，包括4種藥物使用，其中包括2種抗生素、質子泵抑制劑以及鉍劑。有些醫生在治療幽門螺桿菌時也會給予益生菌，因為抗生素使用過多，老年人或者體弱患者有可能會導致腸道菌群失調。加用益生菌可能會防止由于抗生素所引起的不良反應，比如抗生素相關性腸炎，但是單純益生菌不能治療幽門螺桿菌。2種抗生素通常是在阿莫西林、四環素、克拉霉素、甲硝唑、喹諾酮類藥物，以及呋喃唑酮，上述藥物中選用2種。由于幽門螺桿菌耐藥菌較多，所以首選阿莫西林，耐藥菌較少，但是部分患者由于青霉素過敏，不能使用阿莫西林，推薦用四環素代替阿莫西林。質子泵抑制劑主要指拉唑類藥物，常用的有奧美拉唑、雷貝拉唑、艾司奧美拉唑、蘭索拉唑、泮托拉唑等，上述藥物中選用1種即可。鉍劑常用的是膠體果膠鉍或者枸櫞酸鉍鉀，根除幽門螺桿菌療程為10-14天，如果沒有不耐受，建議最好保證14天療程才能提高根除率。