益生菌對治療幽門螺桿菌的作用并不確切，沒有直接的殺菌作用。在幽門螺桿菌規范的根除治療中，四聯療法和三聯療法中應該沒有益生菌的位置，主要治療還是依靠抗生素，同時靠抑制胃酸的藥物和胃黏膜保護劑的鉍劑協助。但是益生菌會在某些時候用于根除治療，主要是具有一定的協助作用，可以減輕這些根除藥物的副作用。因為益生菌可以改善腸道菌群，對胃腸黏膜可能有一定的保護作用，可能會減輕腹脹、便秘等癥狀。在幽門螺桿菌根除治療時，可能會有惡心、胃脹、胃不舒服、輕微的腹瀉、大便不成形等反應，益生菌對治療這些不良反應可能會有一定的幫助。所以，有時在根除幽門螺桿菌治療的方案中，會聯合用益生菌之類的藥，但是它沒有直接根除幽門螺桿菌的作用。