益生菌對于治療幽門螺桿菌有一定作用，對于有幽門螺桿菌感染的病人，尤其是反復無法根除的病人，在根除之前或根除過程當中使用益生菌，可以提高根除率。另外可以減輕根除幽門螺桿菌治療期間，引起消化道不適癥狀，尤其可以減輕根除幽門螺桿菌期間，口服抗生素引起腹瀉、腹脹等癥狀。目前已知益生菌有根除幽門螺桿菌的作用，比如幽研素類藥物，可以根除幽門螺桿菌，但根除率比傳統四聯根除率較低。當前治療幽門螺桿菌的方案，通常為傳統四聯方案，在四聯基礎上加用益生菌可以提高根除率，減輕胃腸道不適，對于反復根除失敗或在服藥期間有不適感，可以加用益生菌治療。