胃腸間質瘤診斷明確以后如果能夠手術，盡量手術完整切除，達到R0切除，即盡量把腫瘤切干凈。手術后根據危險度分級，決定需不需要藥物輔助治療。因此在治療過程中或者手術以后，即使不需要藥物治療，患者要隨訪檢查。一般隨訪檢查的項目有血常規、血液生化檢查，另外最重要的是做腹部相關的檢查，例如腹部CT或者腹部超聲檢查。 因為間質瘤如果復發轉移，最常見的是腹腔內或者肝臟轉移。因此CT和超聲的檢查在隨訪過程中容易發現早期的復發轉移，對患者的復發轉移進一步治療有很大幫助，常用的檢查是CT或者腹部超聲。 另外比如PET-CT或者磁共振也可以作為術后的輔助檢查，但是因為價格問題，最常用的是CT或者超聲檢查。