對于惡性的胃腸道間質瘤，比如有手術機會把腫瘤一網打盡，其實這部分病人預后還是相對于胃癌、腸癌要好的，術后進行規范靶向藥物選擇，如基因檢測之后選擇合適的靶向藥物，長期的控制病人不會出現復發轉移還是非常希望大的。即使發生肝轉移、腹腔種植轉移，在藥物控制前提下采取高質量的外科手術，這些病人生存10年、20年也還是有的。但是確實有一部分病人，比如做完手術之后，在兩年之內出現復發，這些病人一旦出現復發，出現伊馬替尼耐藥，在后線選擇其他的二線、三線、四線的藥物之后，確實這部分病人相對的預后就會差一些。但是只要按照醫囑，按照有經驗的中心選擇合適的藥物控制，依然可以達到延長壽命的目的。