呼吸系統的功能非常強大，通氣和換氣是呼吸系統最主要功能。通氣主要與外界大氣之間的空氣交換過程。換氣主要以肺泡中與人體毛細血管中的氧氣吸收交換的過程，除呼吸功能外，常見還有以下幾種重要功能：1、代謝功能：如人體組織、活性氧的部分代謝。呼吸系統具有重要代謝功能，如果其中出現問題，會引起某些嚴重炎癥反應；2、神經內分泌功能：肺內某些細胞，如嗜銀細胞細胞一樣具有內分泌的功能，可產生相應內分泌介質，如某些細胞異常可引起男性分泌乳汁、血鈣增高等異常；3、防御功能：如通過鼻毛等機械屏障，黏膜分泌性免疫球蛋白防御外來的微生物、巨噬細胞和主動吞噬功能等。