頑固性失眠的病人吃褪黑素的作用很有限，可能就沒有效果。因為所謂頑固性失眠，通常是病人的癥狀比較嚴重，病程也比較長，對治療的反應效果不好的一種特殊嚴重的類型。針對這樣的病人靠褪黑素治療，通常作用非常有限。人體內的松果體釋放的內源性褪黑素，對睡眠具有調節作用。但是隨著年齡增加，松果體所釋放的褪黑素量會明顯減少，并且褪黑素的作用也逐漸減弱。而外源性補充褪黑素對睡眠的調節作用，跟內源性的褪黑素又有很大的區別，無論是其劑量和使用、服用的時機，都可能會影響其實際作用。針對頑固性失眠，更主要的是查清造成頑固性失眠的原因，比如是心理精神因素，還是環境因素，還是生物節律因素，或者是一些軀體器官疾病所造成的失眠。針對其病因治療，通常會更加有效。如果失眠問題過于頑固，可以根據失眠癥狀、失眠所伴隨的癥狀，如果出現焦慮、抑郁等癥狀，可以配合一些抗焦慮、抗抑郁的藥物進行治療。如果綜合分析頑固性失眠的臨床癥狀，有些病人可能必要時要配合用鎮靜催眠藥來進行治療。