全胃切除空腸代胃的并發癥相對比較多，術后圍手術期可能出現肺部感染、切口感染、腹腔膿腫、腹腔內出血、上消化道出血、十二指腸殘端瘺、空腸殘端瘺、乳糜漏、肺栓塞、心律不齊、胸腔積液、腹水、尿路感染、霉菌感染。遠期并發癥可能出現傾倒綜合征、營養障礙、貧血，膽汁反流以及反流性食管炎。 因為胃在人體內主要是食物消化當中主要功能是儲存食物，研磨食物，相當于倉庫，營養物質吸收主要還是在小腸，全胃切除以后患者大部分不會存在營養問題，但術后吃飯是循序漸進的過程，要少量多餐，以流質、半流質為主，若患者恢復好身體比較好，在術后1-2個月經過流質、半流質，慢慢可過渡到正常的飲食吃飯。