先天性巨結腸術后并發癥如下： 1、肛門皮膚感染，如果切除的腸管比較長，容易出現肛門糜爛、大便次數增多； 2、吻合口瘺是巨結腸早期最嚴重的并發癥，可危及生命。一旦出現吻合口瘺，應及時禁食引流、抗感染治療，如果效果不佳，需及時行造瘺手術； 3、吻合口狹窄，術后2-3周需要常規肛門擴張治療，肛門周圍的吻合口容易出現瘢痕引起肛門狹窄，持續擴肛3-6個月，否則吻合口容易形成寬厚的瘢痕狹窄環； 4、術后小腸結腸炎，巨結腸根治術后發生小腸結腸炎者占10%-18%，與腸管痙攣梗阻、細菌毒素侵蝕性腸黏膜，以及患兒免疫功能異常有關，一旦發生小腸結腸炎應急診住院治療； 5、術后腸梗阻，多為術后腸粘連所致，表現為腹脹、嘔吐、惡心，肛門停止排氣、排便，確診后需要住院治療，早期可以保守治療，保守治療效果不佳時，可行剖腹探查術； 6、污糞、大便失禁，早期發生污糞、大便失禁高達40%，患兒排稀便時少量糞便污染內褲，污糞多數為術后六個月開始好轉，一年左右基本上可以痊愈，晚期仍有少數患兒有污糞甚至失禁； 7、便秘復發，根治術后可能有10%的患兒再次出現便秘，需外科門診復查了解情況，進一步確定下一步的治療方案。