大便的時候肛門疼，最常見的是肛裂的情況。肛裂是指肛門周圍皮膚和黏膜有裂口，大便時疼的厲害。治療肛裂首先要盡量保持大便濕潤、潤滑，不用太費勁，另外，盡量減少對肛門括約肌的刺激。肛門局部要進行清潔、消炎對癥處理，防止炎癥加重對括約肌的干擾和刺激，可以用藥物，如鎮痛藥栓塞到肛門或抹具有輕度麻醉作用的藥膏到裂口上，還可以使用肉毒桿菌毒素，也可以注射到肛門外括約肌，使肛門括約肌暫時性麻痹，也可以緩解疼痛。此外，還有用擴肛療法以及手術療法。擴肛療法是在麻醉的作用下，使肛門括約肌解除痙攣，在肛門解大便的時候就不會疼痛。手術是切除相應肛裂，需要到醫院就診，得到相應的正確治療。