不論是病毒性腦炎、細菌性腦炎還是化膿性腦炎以及自身免疫性腦炎，對兒童的神經功能影響都比較大，所以兒童往往會出現一些后遺癥的情況。臨床康復治療的方法有兩大類，一類是現代醫學康復，也就是西醫康復，還有一類是傳統醫學康復，也就是中醫康復。現代康復方法有運動療法、作業療法、言語訓練、感覺行為的干預和聽視力的治療，西醫康復中還包括理療康復。傳統中醫康復的方法也有很多，包括針灸、推拿、拔罐、刮痧等。 后遺癥往往表現在三個方面，分別為智力障礙、運動障礙以及神經行為和言語障礙，出現后遺癥時，一定要到正規的兒童康復機構進行康復治療。不論是傳統醫學康復還是現代醫學康復，對兒童神經功能的恢復都能夠起到有效的治療作用，對兒童將來的預后、生活和學習都會有比較好的治療效果。