腦炎的后遺癥較多，應當根據不同類型的后遺癥，選擇不同的治療方案：1、癲癇：由于腦炎經常波及到邊緣系統、額葉和顳葉，很容易誘發癥狀性的癲癇。腦炎后的癲癇治療方案和其他類型的癲癇相似，以口服藥物為主，可以選擇的藥物包括丙戊酸鈉、丙戊酸鎂、卡馬西平、左乙拉西坦以及拉莫三嗪，都可以選擇，要在神經科的醫師指導下進行，同時也要定期的監測血藥濃度，防止血藥濃度超標，或者不達標的現象；2、認知障礙：包括智力下降，認知障礙，由于腦炎可以破壞到認知中樞，尤其是海馬結構，患者表現為記憶力下降、不認識家人、反應遲鈍。治療選擇營養神經、改善認知的療法，可以選擇的藥物包括多奈哌齊、美金剛以及吡拉西坦、奧拉西坦，根據情況酌情選用；3、焦慮、抑郁癥：由于腦炎破壞邊緣系統，有些患者在腦炎痊愈之后，還會遺留失眠、心煩、情緒低落，這時可以考慮口服抗焦慮、抑郁的藥物，包括帕羅西汀、氟哌噻噸美利曲辛片、文拉法辛等藥物，也需要結合心理治療；4、肺部感染、壓瘡：腦炎后，有些患者臥床不起導致的并發癥，比如肺部感染、壓瘡，這些需要抗感染治療，以及康復護理，加強看護，定期到醫院復查，是一種長期的治療方案。