原發性膽汁性肝硬化治療原則，是延緩整個疾病進展，要對因治療。原發性膽汁性肝硬化機理并不明確，所以應該對癥治療，包括疲勞、黃疸、瘙癢、脂肪瀉、骨質疏松等并發癥的治療，都是對原發性膽汁性肝硬化的治療。在FDA唯一認證和認可的藥物，叫熊去氧膽酸膠囊，對原發性膽汁性肝硬化比較有效，可稱為特效藥物。堅持使用可能改善生化指標，延長疾病進展過程，甚至延緩死亡和終末期進行肝移植的時間。 除此以外，其它比如脂肪瀉，會導致脂溶性維生素A、D、E、K減少，可以適當用食物或藥物進行補充。骨質疏松要曬太陽，適當補充鈣劑和維生素D。黃色瘤可以用降脂藥物，比如他汀類藥物進行治療，都是對原發性膽汁性肝硬化的治療，但是治療基礎為熊去氧膽酸膠囊，中醫中藥治療有保肝、降酶、退黃、利膽的作用。