原發性膽汁性肝硬化的癥狀和其他肝硬化相同，早期一般沒有特異性癥狀，可能為腹脹、乏力、納差。失代償期可能會出現并發癥，如低蛋白血癥、腹水、肝硬化、食管-胃底靜脈曲張破裂出血、肝昏迷、自發性腹膜炎等。原發性膽汁性肝硬化的診斷主要依靠血清學檢查，即肝臟的自身免疫性肝病七項中的抗線粒體抗體M2亞型，如果為陽性就可診斷為原發性膽汁性肝硬化，而通過癥狀診斷原發性膽汁性肝硬化不可取，需通過詳細的病史詢問、查體、最核心的抗體檢測才能診斷。患者診斷為肝硬化后需追蹤病因學檢測，在中國最常見的是乙型肝炎、丙型肝炎、病毒性肝炎，其比重在降低，還有酒精性、非酒精性脂肪性肝硬化，另外就是自身免疫性肝病，包括原發性膽汁性肝硬化。