先天性巨結腸需切除病變腸管，包括遠端無神經節細胞腸段、近端或極度擴張肥厚腸管，所以根治手術為治療先天性巨結腸最好的方法。根治手術并不是一出生即可進行，要考慮麻醉風險、患者對手術的耐受性以及巨結腸疾病對患兒的影響。 根治性手術之前應維持患兒正常排便、正常生長發育，需要用非手術治療方法，甚至腸造瘺方法進行治療。保守治療包括應用開塞露、肥皂條通便、手指或者擴肛器擴肛治療。然后用乳果糖等緩瀉劑增加糞便中的水分，以及洗腸治療；也可以通過中醫中藥、針灸方法，促進腸道蠕動、吸收、排便。 非手術治療無效、病變腸管長度長、有嚴重巨結腸同源病或者合并巨結腸小腸結腸炎的患者，可以先做腸造瘺手術，延期進行根治性手術。超短段型巨結腸病變腸管短，距離肛門口只有2-3cm，可以通過強力擴肛或者部分內括約肌切除的方法進行治療，治療效果較好。