臍血造血干細胞移植的適應癥和其他來源的干細胞移植是相似的，它主要包括有惡性血液病和非惡性血液病。惡性血液病包括急性淋巴細胞白血病、急性髓細胞白血病、慢性粒細胞白血病、慢性淋巴細胞白血病、惡性淋巴瘤。另外作為非惡性血液病里面用的比較多的，以前有重型再生障礙性貧血、重型地中海性貧血，或者慢性再生障礙性貧血需要長期治療或者無效，就是慢性再生障礙性貧血轉化為重型再生障礙性貧血的患者，骨髓增生異常綜合征、惡性組織細胞病，這些也就是惡性血液病。其他像非惡性血液病里面，陣發性睡眠性血紅蛋白尿，包括難治性的特發性血小板減少性紫癜，有時也有治療成功的案例。而難治性的自身免疫性疾病，包括系統性紅斑狼瘡、自身免疫性溶血性貧血，也有治療成功的案例。而遺傳性血液病，鐮狀細胞性貧血，其他比較少見治療的也有骨髓纖維化、多發性骨髓瘤，這些雖然有治療成功的案例，但是也只是個案報道。