牙垢包括菌斑、軟垢和結石。菌斑、軟垢是牙周病的始動因子，即使去除后，還會不斷地在牙面重新形成。刷牙是自我清除菌斑、軟垢的主要手段，正確的刷牙方法能有效地清除菌斑、軟垢。一般主張每天早晚各刷1次，也可午飯后增加1次，但與次數相比，更應強調刷牙的質量，即有效刷牙。暴露在口腔牙齒的每一個面都應該清潔干凈，才能徹底的去除菌斑、軟垢。必要時，需要在醫生的指導下使用牙線、牙間刷、沖牙器等清潔牙齒鄰面的菌斑，菌斑、軟垢如不能及時去除，會在口腔內鈣化形成牙結石。此時必須在醫院進行潔治術。 潔治術包括齦上潔治術、齦下刮治術和根面平整術。齦上潔治術是指用潔治器械去除齦上牙石、菌斑和色素。現在一般都采用超聲波潔治，通過超聲波震碎牙結石，使其自然脫落。但肝炎、肺結核、艾滋病等傳染性疾病患者不宜使用超聲波潔治，以免血液和病原菌隨噴霧污染診室造成交叉感染。所以潔牙前應遵從醫生要求做有關疾病的檢查。齦下刮治術是用比較精細的齦下刮治器刮除位于牙周袋內的根面上的牙結石和菌斑。做齦下刮治時，必須同時刮除牙根表面感染的病變牙骨質，使刮治后的根面光滑而平整稱之為根面平整術。