明確診斷為鰓裂囊腫，建議1周歲以上患兒手術治療。如未及時手術治療，出現急性感染、反復感染可導致膿腫形成。膿腫一旦形成則需切開引流控感染，再擇期進行手術，對患兒創傷較大。目前完整切除囊腫和瘺管是唯一、有效的根治方法。對于無癥狀新生兒期可暫時觀察，1周歲后再行手術治療。對于反復感染的新生兒，需及時控制感染，盡量于下次感染前手術。 手術切口應選擇利于病變全部切除部位。對于瘺管較長的腮瘺囊腫，需于腮瘺部位行橫切口，如胸壁部位手術，可延伸至頸動脈分叉。下面向上游離，游離到一定程度感覺困難，可于上面再加做一個切口。