部分鰓裂囊腫需與錯構瘤進行鑒別，因為兩者都屬于皮膚淺表性疾病。鰓裂囊腫會有軟骨成分，因此觸摸質地也會較硬。手術屬于鰓裂囊腫最根本治療方式，需要把囊腫連同瘺管、管道一起切除干凈。如果術后有殘留，可能會造成后續復發，甚至有殘余感染的情況發生。 總之，對于小孩而言，鰓裂囊腫是常見的先天性皮膚淺表性疾病，治療以手術為主，效果一般較好，且術后基本不會復發。目前隨著縫合技術的發展，一般術后瘢痕較為美觀。