艾灸命門最佳時間在白天是上午進行艾灸，上午艾灸可以選擇9-10點鐘灸命門。此時陽氣正處于生發狀態，灸命門可以補充陽氣，使腎陽更加充足。而且陽氣在生發的階段，對陽氣的增長、聚集有良好的促進作用。四季中灸命門最合適的時候是在冬天，因為冬天灸命門，此時陽氣實際上不充足，外界比較寒冷，灸命門的時候不容易上火。假如按節氣再分，實際上可以在陰陽交匯的時候進行艾灸，也就是春分、秋分、冬至、夏至進行艾灸。此時由于陰陽正在轉換的時候，春分、秋分是陰陽剛好平衡的時候，冬至、夏至剛好陰陽處于相互轉換，陰極陽生、陽極陰生的時候。此時進行艾灸，對陽氣的補充有較重要的意義，所以會在春分、秋分，冬至、夏至的時候灸命門。