多數巧克力囊腫的患者不能懷孕，臨床非常年輕的女性，囊腫非常小如1-2cm，確實有懷孕概率，但對于年紀比較大、囊腫比較大的女性，這種可能性非常低。對于有生育要求的年輕女性，如果巧克力囊腫＞5cm，試孕不成功，應該積極的進行手術治療。手術以后，根據子宮內膜異位癥的嚴重程度、巧克力囊腫大小、年齡，得出綜合的評價指標。如果概率非常低，一般＞35歲，超過3年不懷孕，囊腫非常大的患者，建議積極進行試管嬰兒治療。對于以前做過手術的女性，又有生育要求，囊腫復發時不建議再進行手術，可以考慮介入治療即穿刺，積極進行輔助生育技術，包括試管嬰兒治療，增加妊娠率。