巧克力囊腫有一定惡變概率，在1%左右，概率比較低。 育齡期婦女的治療主要是針對疼痛和不孕進行，對于絕經以后的巧克力囊腫，重點為預防惡變。如果囊腫比較小，可以嚴密的隨診觀察，對于絕經后的女性，如果囊腫短期內長大，甚至疼痛節律發生變化，應該積極進行手術干預，明確診斷、切除病灶。對于有癥狀的女性，如巧克力囊腫＞5cm，有生育要求應該進行積極的手術干預。