巧克力囊腫是一種特殊類型的卵巢囊腫，對于生育功能影響較大，有子宮內膜異位癥的患者大概40%會出現不孕。因巧克力囊腫有可能會影響卵巢排卵，導致卵巢黃體功能不足，出現卵泡不破裂的情況，還會導致盆腔粘連，從而影響輸卵管結構，影響受精卵形成及受精卵轉運等情況。巧克力囊腫還可能會影響盆腔內膜、盆腔結構及盆腔內環境，從而導致不孕。 但較小的巧克力囊腫，對盆腔環境影響較小的患者可以自然懷孕。而患有巧克力囊腫無需恐慌，及時就醫。對于巧克力囊腫合并不孕的患者，應盡早采取輔助生殖手段，達到妊娠目的。