巧克力囊腫屬于卵巢型的子宮內膜異位癥，如果是發病很久的巧克力囊腫，確實會增加不孕癥的風險，但并不意味著所有巧克力囊腫即卵巢型子宮內膜異位癥患者都會不孕不育。在疾病的早期階段，許多女性卵巢仍能正常排卵，能夠被輸卵管所撿拾。通過輸卵管的蠕動，讓精子、卵子相遇，繼而形成受精卵，并且滾動到宮腔內發生著床，從而正常懷孕。所以并不是所有的子宮內膜異位癥或者卵巢型子宮內膜異位癥，一定會發生不孕。不過隨著子宮內膜異位癥的不斷進展，不孕的風險確實會逐漸增大。因為到了卵巢之后的子宮內膜，仍然隨著卵巢周期性雌孕激素的變化，發生周期性剝脫出血。與正常的子宮內膜剝脫形成的月經不同，異位在卵巢的子宮內膜出血無法從宮頸陰道排出，從而在卵巢內形成越來越大的囊腫。而且囊腫在生長過程中可能自發破裂，存在陳舊性血液的流出。由于陳舊性血液的性質較為粘稠，而且存在子宮內膜的脫落細胞，因此與周圍臟器形成越來越致密的粘連，如子宮后壁、盆腔腹膜、大網膜、腸系膜、輸卵管、輸卵管系膜和闊韌帶等，進而影響卵巢的正常排卵。在由于卵泡發育成熟之后，也沒有辦法破裂排出，就沒有辦法讓精子和卵子相遇。而且由于嚴重的粘連，導致輸卵管的蠕動障礙，造成輸卵管傘端拾卵的障礙。綜上所述，在有子宮內膜異位癥囊腫的狀態下，隨著子宮內膜異位癥的進展，確實會顯著增加不孕癥的風險。因此對于年輕育齡女性，發生了卵巢型子宮內膜異位癥，一定要盡早完成妊娠和分娩，以免因疾病進展而導致未來出現不孕癥。