巧克力囊腫又稱為子宮內膜異位囊腫，手術通常要做腫物的剝除，通過腹腔鏡進行手術。如果反復發作、粘連嚴重，也可以選擇開腹手術來避免手術并發癥。腹腔鏡手術通常是在肚子上打孔，在肚臍部位放進trocar，即監視鏡，下腹兩側各打1個或者是2個孔。然后放入操作器械，將腫物切除后，可以通過鉗子取出，或者放在標本袋里。通過一側比較大的trocar口取出，腹腔的剩余卵巢可以進行縫合或者電凝止血，盡量保留部分卵巢的功能。有些女性的巧克力囊腫通常會出現多發雙側，甚至和盆壁、子宮粘連得非常嚴重，還需要分離粘連，手術難度較高，風險較大。