乙型腦炎發病初期如能及時進行治療，多數患者恢復情況較好，很少遺留后遺癥。部分患者因病毒侵犯腦組織范圍較大、病情嚴重，可有后遺癥，常見后遺癥為癡呆、癲癇發作、肢體活動障礙、言語障礙、流涎等。通過針灸、運動鍛煉、中藥等方法，可積極改善癥狀，減少后遺癥的發生及程度。常見并發癥為意識障礙、昏迷，如合并肺部感染，易引起中樞性呼吸功能衰竭。