乙腦后遺癥與病情輕重程度有關，大部分輕度乙腦患者預后較好，腦損傷較嚴重的患者治愈后，會出現嚴重并發癥，最常見為偏癱，即失語；嚴重患者出現神經系統功能障礙，如尿潴留或其他并發癥。部分輕度后遺癥患者，3個月內可逐漸恢復，但10%患者后遺癥將形成永久性并發癥，出現終生殘疾。乙腦又稱為大腦炎，大腦炎后遺癥會出現嚴重的癡呆、終身癱瘓等。