牛奶蛋白過敏不是不治之癥，通過及時有效的干預，多數患者可獲得臨床治愈。輕度過敏者，嚴格進行食物回避即可。 重度過敏者，應聯合抗過敏藥物、免疫抑制劑進行治療。隨著年齡的增長，多數患兒的過敏癥狀可逐漸自愈，一般認為1歲后牛奶蛋白不過敏，3歲后雞蛋不過敏，海鮮類食物不過敏的時間較長，直到5歲甚至更大年齡，部分患者可能終生對牛奶蛋白過敏。 一旦確診牛奶蛋白過敏，應嚴格回避過敏食物，盡早換用深度水解配方和氨基酸配方奶粉進行喂養。