早上起來腰痛活動一會就能好的原因主要是風濕免疫性疾病、椎間盤突出癥，具體如下：1、風濕免疫性疾病：如果經常出現早上起來腰痛，甚至有些年輕人晚上腰疼至痛醒，起來活動腰痛又恢復，出現這種癥狀多數是患有風濕免疫類疾病，如強直性脊柱炎等，通常需要到醫院做進一步檢查，特別是去風濕免疫科做血液檢查，如HLA-B27(人體白細胞抗原)、C反應蛋白、血沉、類風濕因子等，通過這些化驗的檢查進一步診斷；2、椎間盤突出癥：少數人患腰椎間盤突出也會導致腰痛，但疼痛通常躺下后會有明顯改善，到下午或傍晚經過勞動后才會引起疼痛，與早上起來的腰痛不同。