腦干腫瘤手術后遺癥較多，臨床并發癥出現的幾率比其他部位的腫瘤相對較高，侵犯的部位不同、損傷神經的核團區域不同、損傷的神經傳導通路的不同會產生不同的并發癥。比如眼球運動障礙、面癱等，較重的包括肢體癱瘓、呼吸的功能的障礙等。若出現呼吸功能障礙并發癥概率較大，醫生和家屬應慎重做出決定，若是神經功能障礙，可通過后期神經功能自我康復。