腦干腫瘤以往被認為是手術禁區，因為腦干在很小的范圍內集中許多神經核團、傳導束和網狀結構等，腦干腫瘤多為浸潤性生長。 膠質細胞瘤手術難度比較大，易造成腦干內重要結構損傷，手術致殘以及手術死亡率均較高，預后不良；隨著顯微外科技術的迅速發展，使腦干手術效果明顯改善，盡管腦干腫瘤手術仍有較大風險，但對于較局限、呈結節狀或者囊性變分化較好的腫瘤應積極采取手術切除，其預后較好；良性腦干腫瘤，采取全切除方式可以獲得根治效果。此類腫瘤的手術目的在于明確腫瘤的性質，恢復腦脊液的循環通道。 良性腫瘤全切或者次全切除術，對腺性細胞瘤一級、血管網狀細胞瘤或者結核球瘤等可望獲得徹底治愈；惡性腫瘤也可以進行全切或者次全切除術，部分切除術也達到充分的內減壓；膠質細胞瘤術后輔助放療或者化療，可以延長患者的生存期。