腸炎治療不及時，會對腸黏膜產生較大的損害。長期的慢性腸炎，可導致腸道的狹窄、出血甚至腸道穿孔，嚴重者還可引起重度腸擴張。同時腸炎經久不愈，可能伴生腸息肉，腸息肉在一定條件下可發展為腸癌。此外，長期的腸炎，嚴重者可因腹痛、腹瀉而影響其日常生活與工作。若患者有家族史，尤其是腸癌家族史，一般建議其直系親屬定期行腸鏡檢查，排除是否有腸息肉。