胃腸鏡檢查屬于有創檢查，需要把導管穿到消化道里面，其危害即指并發癥。對于腸鏡檢查，可能引起消化道穿孔，因為腸子較彎曲，部分腸管本身具有病變，潰瘍較多，另外由于醫生操作不熟練，也可導致消化道穿孔； 還可出現咽喉部損傷、下頜關節脫位； 可出現胃壁及十二指腸壁穿孔，但是發生率較低。 通常情況下，胃腸鏡檢查較安全。但胃腸鏡檢查有其禁忌癥，主要包括嚴重心肺疾病、消化道出血、休克或穿孔患者，需要醫生評估后方可決定是否可以進行檢查。