無痛胃腸鏡檢查和普通胃腸鏡檢查，其基本操作一樣，區別是無痛胃腸鏡檢查在進行之前，需要給患者注射麻藥，在其睡眠狀態下進行操作，而普通胃腸鏡檢查通常在患者清醒狀態下進行。較多患者擔心注射麻藥會導致癡呆，以及進行無痛胃腸鏡檢查之后，可有記憶力的減退。因為現在使用的麻醉藥物代謝較快，幾乎不會對于患者智力造成影響，尤其是成年患者，且臨床中已經證明，對于三歲以上兒童也無任何影響。