高位復雜性肛瘺一般采取手術治療，因為非手術治療沒什么效果。對于簡單的低位單純肛瘺會采取注射蛋白膠栓塞方法，成功率只有25%，一般不主張使用這種方法。 絕大多數肛瘺都需要手術治療，特別是高位復雜性肛瘺。雖然手術難度較大、并發癥較多，但只有手術才能根本解決問題。手術方法有肛瘺瘺管切除、肛瘺瘺管切開，以及掛線，高位肛瘺以及高位復雜性肛瘺一般采取掛線療法或者部分切除瘺管，部分掛線這種雜交方法同樣可行。 如果病人經過多次手術后仍然復發，應評估手術風險，肛門功能情況決定是帶瘺生存還是還是再繼續手術。