臨床中高位復雜性肛瘺是嚴重的肛周疾病，危險性較高。如患者不及時進行手術治療，易經常復發、感染，膿腔向周圍擴展，直到直腸窩，嚴重時會導致直腸破潰。若膿液長期刺激瘺管可以形成黏液腺癌，是直腸惡性程度較高的一種腫瘤，需將整個肛門、直腸切除，復發率也較高。另外，臨床中10年以上的高位腸瘺形成癌癥的幾率較高。