在臨床上，肛門鏡和直腸鏡已經并不流行，可能在專業的肛腸專科醫院還在采取。實際上現在采取的結腸鏡檢查是全結腸，包括直腸和肛管的檢查。直腸鏡和肛門鏡的區別在于，直腸鏡可能略長，進入機體內的位置更深，而肛門鏡可能觀察的部位更淺。在具體應用過程當中，實際上并不采取這種檢查。以前有乙狀結腸鏡，而目前的腸鏡可以覆蓋所有位置，即從闌尾開口、回腸末端一直到肛門口整個的大腸范圍，都可以通過結腸鏡完成。