口腔扁平苔蘚是一種由于免疫功能紊亂發生在皮膚和黏膜的慢性炎癥，到現在為止其病因和發病機制并不明確。可能跟以下幾個因素有關： 1、免疫異常：主要是細胞介導局部免疫應答功能紊亂造成； 2、根據扁平苔蘚臨床觀察，最主要是精神因素，有超過50%的病人都有情緒緊張、焦慮這方面因素，由于情緒方面導致機體免疫功能紊亂； 3、激素水平：現在根據內分泌相關研究，發現有一部分口腔扁平苔蘚跟雌激素水平異常有關系； 4、感染方面因素：與病毒和幽門螺旋桿菌等有關系； 5、微循環障礙方面：跟微循環障礙和某些高黏血癥有關系； 6、跟一部分患者遺傳方面因素有關； 7、其他系統性疾病，比方肝炎、糖尿病、高血壓、消化功能紊亂等，跟碘、鋅、鎂等微量元素異常也有一定關系。 因此扁平苔蘚的發生病因和發病機制是不同的，尚不明確。