膽總管囊腫隨著病理變化，有相當一部分人會伴有膽胰合流異常。胰液對膽道的刺激可以導致膽道的病理變化。有資料顯示，膽總管囊腫的孩子較正常人，膽道發生癌變的幾率明顯提高，原因之一就是膽胰合流異常。所以通常在膽總管囊腫的處理上一旦明確診斷，建議盡早做囊腫切除和膽胰分流，避免胰液進入膽道對囊壁的繼發性刺激，可以最大限度減少膽道癌變的可能，也是很好的預防措施。